Делается это в консоли запуском команды
/usr/sbin/nagios -v /etc/nagios/nagios.cfg
Следует обратить внимание, что папки назначения могут быть разными. Все зависит от дистрибутива linux и от версии самого nagios.
Поэтому нужно для начала найти где nagios:
whois nagios
или
which nagios
Потом указать где лежат конфиги это может быть например:
/usr/local/nagios/etc/nagios.cfg